Убийство Гапона Гапон мотивировал своё предложение революционным планом: войти в доверие к Рачковскому, с его помощью пробраться к Витте и Дурново, а затем убить обоих министров128. Он уверял, что это будет иметь большое значение и послужит толчком к всенародному восстанию. Гапон говорил, что рассчитывает таким образом отомстить министрам за невыполненные обещания129 и одновременно восстановить свою пошатнувшуюся репутацию130.
Однако Рутенберг отнёсся к планам Гапона с недоверием. После некоторых колебаний он решил рассказать обо всём товарищам по партии.
Оба соглашались, что Гапона необходимо убить, но признавали, что у них нет строгих доказательств его вины134.
Тогда, выполняя инструкции Азефа, Рутенберг решил убить одного Гапона138. Гапон был повален на пол141, связан и задушен бельевой верёвкой, а его тело подвешено на крюк вешалки142.
Гапон был похоронен 3 (16) мая 1906 года на Успенском кладбище под Петербургом151. На похороны собралось около 200 человек рабочих гапоновских организаций. На могиле был установлен деревянный крест с надписью "Герой 9 января 1905 г. Георгий Гапон"153.
Оценки его деятельности в разное время менялись. В советской историографии его имя стало синонимом провокации. Г.А. Гапон воспринимался как агент полиции, а шествие рабочих с петицией к Николаю II и последующий расстрел - как грандиозная полицейская провокация с целью устрашения рабочих. В настоящее время принято считать Г.А. Гапона борцом за интересы народа
Имеется точка зрения, которая опровергает мирное шествие рабочих, потому что в шествии участвовали и представители революционных организаций, которые хотели превратить мирное шествие в политическую демонстрацию. А Поведение Г.А. Гапона оценивается как поведение тщеславного эгоиста, который хотел остаться в памяти потомков как борец за народное счастье, ведь именно таким он и пытался себя представить в своих мемуарах, решил склонить к предательству своего старого друга П.М. Рутенберга, который спас ему жизнь 9 января. Н наиболее точный термин, характеризующий деятельность Г. Гапона - вербовщик, харизматичный человек, хороший оратор, способный вести людей за собой. Изначально присущие Г. Гапону честолюбие, тщеславие и амбициозность после 9 января обрели немыслимые масштабы. У Г. Гапона стала проявляться мания величия. В погоне за реализацией своих фантастических планов он переступил все моральные барьеры, пойдя на сотрудничество с полицией и прямое предательство своих бывших товарищей.
У историков и сегодня нет документов, которые могли либо подтвердить эту версию, либо окончательно очистить Гапона от тех подозрений в двойной игре, которую он мог вести.
Действительно, Гапон общался и с чиновниками Департамента полиции, и с петербургским градоначальником, и с церковными иерархами. Департамент полиции покровительствовал деятельности Гапона и не возражал против предоставления ему бесплатно помещений для собраний. Но конечные цели жандармов и священника явно не совпадали. Гапон был нужен полиции своим умением привлекать к себе рабочих, но вопрос о финансировании гапоновских организаций остается непроясненным.