Материал: 06-20-DatabasesGenomEvolution
Публичные базы генетических данных: поиск
Поиск и анализ через BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) –
Находит области сходства между биологическими последовател-ми
Интерфейс поисковой системы
BLAST:
blastn – ДНК/РНК blastp – белок
Карты хромосом:
раздел MapViewer
Геномика и протеомика
Анализ генетич-х данных: элаймент (выравнивание)
Пример: ClustalW– находит области сходства между биол-ми
протеомика
Размеры геномов (C-Value)
=1600 млн (гапл)
=165 млн
=4.2 млн
Размеры геномов разных видов значительно отличаются друг от друга даже в пределах рода, животные до 3300 раз, растения до 1000. При этом часто не наблюдается корреляции между уровнем эволюционной сложности вида и размером его генома.
Эволюция геномов: семейства родств-ых генов
•Genes encoding various human globin proteins evolved from one common ancestral globin gene
–Duplicated & diverged ~450–500 million y.a.
•Accumulation of mutations Differences between genes in globin family arose from the
–Subsequent duplications & random mutations present globin genes
•Code for oxygen-binding proteins
•Evidence: Similarity in amino acid sequences of globin proteins
Геномика и протеомика
Организация генов в семействах - и -глобинов
Структура локусов
Геномика и протеомика