В октябре 1860, когда войско Кокандского ханства окружило лагерь русских солдат в Узун-Агаче, кыргызы Чуйской долины воевали против русских. Но в этой войне они были побеждены. Шабдан-батыр, будучи на стороне кокандцев, воевал против русских. Еще ранее, по предложению Канат-шаа, побывавшего в Чуйской долине, Малла-хан принял Шабдана в своей ставке и преподнёс ему позолоченные меч, винтовку и сшитую золотыми нитками шубу. После этой войны Шабдан вместе с Канат-шаа отбыл в Ташкент, где и служил ханству. Позднее он был втянут в борьбу за ханский престол и выступил на стороне Кудаяр-хана, к-рый за оказанную услугу назначил его акимом г. Туркестана. В 1861 Токмок и Пишпек снова перешли к Кокандскому ханству, а разрушенные крепости были восстановлены.
Пользуясь противостоянием и конфликтами кыргызов Чуйской и Кеминской долин с казахами и Кокандским ханством, войска Российской империи предпринимают вторую попытку захватить Чуй и Кемин, и совершают вооружённый поход. Пишпекская и Токмокская крепости снова захватываются русскими и разрушаются. У сев.кыргызских родов не остается другого выхода, как подчиниться Российской империи. Но, несмотря на это, манапычуйского племени солтоЖангарач, Маймыл и Тынаалы, не пожелавшие войти под власть России, вместе со своими подданными переезжают в Талас. В это время Жантай принимает окончательное решение служить российской власти. А вслед за ним к отцовскому выбору присоединяется и его сын Шабдан, ставший активным проводником царской политики в регионе.
В 1862 манапчуйского племени солто Байтик начинает свою борьбу против бека Рахматуллы. Тот с 1861 был представителем Кокандского ханства в Пишпекской крепости и теперь начал вести антикыргызскую политику. Он оскорбил честь и достоинство сына БайтикаБайсала, тем самым окончательно став врагом племени солто. Байтик, с целью убийства, приглашает Рахматуллу на той (пиршество) в Ак-Чий, где нападает на кокандских сарбазов. Успевшего вскочить на своего коня и бежавшего Рахматуллу догоняет родственник БайтикаКокум и, свалив с коня, убивает его. Кыргызы во главе с Байтиком окружают Пишпекскую крепость, а его младший брат Сатылган отправляется в Верный к российскому генералу Г.А. Колпаковскому с просьбой оказать военную помощь. Просьба о помощи принимается, и 13 октября 1862 вооружённые русские солдаты прибывают в Пишпекскую крепость, где кокандские сарбазы сдаются, а крепость разрушается. После этого основная часть племени солто признала над собой власть России. Весной 1863 были организованы военные походы: Колпаковским - по направлению к Олуя-Ата, а капитаном генерального штаба Проценко - к Центральному Тенир-Тоо. В результате этих походов кыргызы Нарынского и Таласского регионов были вынуждены признать власть Российской империи. В 1863 на берегу озера Ысык-Кёл впервые перезимовали русские солдаты, добившись установления власти Российской империи и в этом регионе.
В 1864 отряд Верёвкина захватывает Туркестан, отряд Черняева - Олуя-Ату и Чимкент, после чего объединяются две фронтовые линии - Сибири и Сырдарьи. Власть России в Чуйской и Ысык-Кёлской долинах укрепляется окончательно. В этом же году около 10 тыс. семей, живших в Суусамыре и Кетмен-Тёбё, объявили о своем признании российской власти. В 1867 военный поход полковника Полторацкого в Центральный Тенир-Тоо окончательно подчинил представителей кыргызских родов этого региона российской власти. Глава кыргызов этого региона, состоящих примерно из 5-6 тыс. семей, Уметалы, поняв бессмысленность сопротивления, сдаётся русским. Небольшое восстание, предпринятое малыми силами Осмона Тайлакуулу против русской власти, завершилось поражением. Через год в Центральном Тенир-Тоо расположился гарнизон русских солдат. Таким образом, за 1855-68 кыргызы Северного Кыргызстана были полностью подчинены Российской империей.
Завоевание Кыргызстана кокандскими ханами изменило политическую обстановку в регионе Средней Азии. Его последствия для кыргызского народа не были однозначными. Родоплеменная верхушка склонялась к сотрудничеству или борьбе с завоевателями. Положение простого народа крайне ухудшалось. Он оказался под тяжким бременем двойного гнета: кокандских властей и собственных феодалов. В народной памяти этот период отразился черной полосой жестокого угнетения и произвола, беспросветной нужды и бесправия. Но народная память бережно сохранила и примеры героической борьбы кыргызов против кокандского ига, свидетельствовавшей о том, что гордый и свободолюбивый кочевой народ никогда не мирился с чужеземным угнетением. Эпоха феодализма повсеместно характеризовалась обострением классовой борьбы трудящихся против угнетателей. Так было и в истории кыргызского народа, народа, который неоднократно поднимал восстания против “своих” и чужеземных эксплуататоров. Общим недостатком этих выступлений были их стихийность, неорганизованность и разобщенность, отсутствие осознанных политических целей. Восстания заканчивались, как правило, поражением. За ним следовала кровавая расправа над побежденными, что вызывало новые вспышки народного гнева и новые поражения
Таким образом, конец одного восстания готовил начало нового.
Этот процесс, приобретший перманентный характер, приводил к значительным людским потерям, разрушению экономики, грабежам, насилиям, личным трагедиям с обеих сторон. В конце концов, эти явления привели к полному развалу Кокандского ханства, что обусловило возможность ликвидации его сравнительно небольшими силами русских войск. В период возвышения Коканда представители кыргызской знати играли в его политической жизни заметную роль. Они охотно участвовали в феодальных усобицах, низвержении одних ханов и возведении на престол других. Безусловно, они преследовали определенные личные выгоды и цели. Трудящиеся кыргызы участвовали в политических акциях своих амбициозных предводителей, но мотивы их действий были иными. Каждое выступление независимо от политических лозунгов родоплеменной знати давало возможность простым сородичам выплеснуть свой гнев и протест против ханского ига. Поэтому трудящиеся кыргызы в своих антиханских настроениях зачастую уводили восстания на более высокий уровень исторической значимости, чем это предполагалось политической интригой родоплеменной знати кыргызов. Борьба за престол в Коканде вела к ослаблению власти ханов на местах и в таких случаях кыргызы возобновляли попытки сбросить иго кокандского гнета. Все это создавало напряженную атмосферу на окраинах Кокандского ханства. Кыргызов боялись, поэтому с ними заигрывали, но при первой же благоприятной возможности с особенно воинственными и опасными старались расправиться как можно более жестоким способом. Правда истории свидетельствует о том, что кокандским властителям так и не удалось полностью покорить гордый, свободолюбивый народ, искоренить среди кыргызов дух сопротивления. Русские посланники при кокандском дворе отмечали, что восстания кыргызов были следствием “жестокого и дурного правления”, что временами они распространялись на огромные территории. Кыргызы никогда не чувствовали себя истинными подданными кокандских ханов. Они рассматривали свое подданство прежде всего через призму зависимости от кокандских рынков и расположения многих зимовок в Ферганской долине, находившихся в пределах военного присутствия Коканда. В период дворцовых смут в Коканде в 1842 г. кыргызские феодалы Таласа скрывали претендента на престол Шералы и, заняв Коканд, они провозгласили его ханом. Одновременно кыргызы стали изгонять кокандские гарнизоны из крепостей, отказывались платить подати. В том же 1842 г. кыргызы Прииссыккулья разрушили кокандские крепости и фактически освободили край от ханского гнета. Русские пограничные наблюдатели сообщали в это время, что кыргызские племена Прииссыккулья восстали против кокандского хана, “свергнули с себя его иго и, разорив устроенные на границах кокандцев с кочевьями кыргызов крепостцы, начали с тех пор действовать самостоятельно”
Каждая кокандская крепость являлась средоточием товаров кокандских купцов. Прочные стены крепостей и надежные гарнизоны гарантировали сохранность товаров. Укрепление Пишпек была основано в 1825 году, имело до 700 человек гарнизона. Коменданту Пишпека подчинялись укрепления Аксу и Токмак. Другое кокандское укрепление - Куртка - было основано в 1832 году на берегу р. Нарын (в современном Акталинском районе). Крепости Пишпек и Куртка были основными опорными пунктами Кокандского ханства для поддержания его власти над кыргызским населением в северной части Кыргызстана. Так, кокандские ханы, играя на самолюбивых амбициях и близорукости отдельных феодалов, методично захватывали кыргызские земли и устанавливали там свои порядки. В первой четверти XIX в. порабощение Южного Кыргызстана было в основном завершено. Покорение северного Кыргызстана Кокандское ханство начало с набегов на села Чуйской долины. После успешного завершения войны за овладение Ташкентом, растянувшейся на 10 лет (1799-1809), кокандцы в 1822 г. возвели крепость Олуя-Ата (совр. Г. Тараз в Казахстане). Это была заблаговременная подготовка для нападения на Чуй и Талас. Кроме этого, задачи Кокандских ханов облегчали внутренние распри между племенами солто и сарыбагыш и неутихающие противостояния кыргызов с казахским Улуу жузом. В 1825 г. войско кокандцев под командованием Лашкер Кушбеги вторглось в Чуй. После нескольких неудачных стычек часть солто и сарыбагышей вынуждена была признать власть хана. Часть сарыбагышей, не желая подчиняться захватчикам, во главе с сыновьями Атаке-бия перекочевала на Иссык-Куль. Так, кокандские завоеватели заполнили Чуйскую долину и в том же году возвели на реке Аламудун крепость Бишкек, где было размещено их военное подразделение.
Через некоторое время кокандцы направили к иссыккульским кыргызам предложение подчиниться им. Получив твердый отказ, кокандцы в 1831 г. организовали поход на Иссык-Куль и Нарын. Одно войско под предводительством Лашкера Кушбеги прошло к Иссык-Кулю через Чымкент, Ташкент, Олуя-Ата и Чуйскую долину. Другое, возглавляемое Хаккулой, выйдя из Ферганы, прошло через перевал Когарт и дошло до Ак-Талаа, Ат-Баши, Нарына, Жумгала и Кочкора, грабя и разоряя народ на своем пути.
Таким образом, раздробленность кыргызов, их внутриплеменные раздоры, особенно межу сарыбагышами и саяками, бугинцами и саяками, обусловили почти все беспрепятственное вторжение кокандцев в Тенир-Тоо. Некоторые вожди, ослепленные эгоизмом и жаждой наживы, даже способствовали кокандцам в разгроме неугодных им сородичей. Для закрепления своих завоеваний кокандцы создавали на торговых путях крепостные укрепления с военными гарнизонами - Бишкек, Токмак, Ак-Суу, Чалдовар, Ат-Баши, Куртка, Тогуз-Торо, Кочкор, Жумгал, Суусамыр, Тон, Тамга, Барскоон и др.
Причиной, переполнившей чашу терпения и поднявшей людей, стали безжалостные грабежи и неслыханные бесчинства, совершенные кокандцами во времы похода 1831 г. С особым упорством и непримиримостью выступали против кокандцев жившие в верховьях Нарына саяки - кыргызы Ак-Талаа, Тогуз-Торо, Нарына и Ат-Баши. Дело в том, что воины этого племени накопили большой организационный опыт проведения военных кампаний и оснащения вооружением. Так как принимали активное участие в освободительной борьбе народов Восточного Туркестана против манчжуро-циньской экспансии и в походах Жангера Кожо на Кашгар.
Возглавили восстание против Кокандского ханства Тайлак и его старший брат Атантай - лидеры саяков Ак-Талинской долины. Их отец, выходец из рода Чоро, в свое время имел большой авторитет и уважение как среди правого, так и левого крыла кыргызов. Есть сведения, что в правление Жанболот-Бия он был видным военачальником в войне с Китаем.
Тайлак и его джигиты считались храбрыми воинами. Долгое время Тайлак-баатыр со своими воинами противостоял кокандцам, успешно отражал их атаки, не поддаваясь на их уловки. Однако в 1838 г. Кокандский лазутчик под видом лекаря проник в ставку и отравил 42-летнего Тайлак-баатыра.
В завоеванных районах Кокандское ханство выселяло землевладельцев, ремесленников и торговцев из Ферганской области. Кокандское ханство управляло кыргызами через назначаемых датхи. На должности датхи назначались кокандские чиновники, а иногда и кыргызы. Для решения споров между племенами и родами в Пишпеке ежегодно собирался съезд манапов под руководством пишпекского датхи, который имел неограниченное право утверждать и менять. В Пишпеке, Токмаке и других укреплениях кокандские правители построили ряд зинданов, чтобы держать в покорности неугодных.
Таким образом, в Кыргызстане установлен колониальный режим Кокандского ханства. Кыргызский народ платил первое время Кокандскому ханству следующие три вида податей:
1) тюндюк-зякет - по овце с юрты;
2) алал-зякет - по одной голове скота с 50;
3) хорадж - с земледельцев.
Кроме того, время от времени взимали военную подать в размере одной тилли (золотой монеты) или трех баранов с юрты. Тяжким гнетом для кыргызского народа был также обязательный набор мужского населения в ханскую армию.
Про тягости колониального гнета акыны-кыргызы в свое время сложили песни, характеризующие бедственное положение народа. «Тсгереги кыргыздын, Тсмирден тарткан тор болду. Тушкон жери кыргыздын Кырк кулач терен ор болду».
Смысловой перевод: Кыргызы окружены железными сетками, кыргызов начали сажать в 40-саженные колодцы, нетерпимо стало кокандское насилие и оскорбления над кыргызами.
Против военного и национального гнета Кокандского ханства кыргызский народ, при поддержке узбекского и других народов, неоднократно поднимал национально-освободительные восстания. В освободительной борьбе кыргызского народа эти восстания сыграли значительную роль.
Одно из первых восстаний кыргызов Тенир-Тоо против Кокандского ханства было в 1832 году под руководством Тайлака (из племени Саяк). Кокандские завоеватели, построив укрепление Куртка, начали облагать данью саяков, которые оказали решительный протест налоговой политике кокандцев.
Борьба тяньшанских кыргызов против кокандского ханства под руководством Тайлака отражена в фольклорном материале А. Чоробаева в поэме «Тайлак баатыр». В поэме говорится, что Тайлак решительно выступал против насилия кокандских чиновников.
«Атантай, Тайлак деген баатыр болгон, алардын жердегени Какыр коргон. Ал кезде Кокон ханы сурак кылып, кыргыздын кыйласынын канын соргон»
Смысловой перевод: Атантай и Тайлак были баатырами, они жили около крепости Какыр - Коргон, тогда правил кыргызами Кокандский хан [8, 8].
В 1843 году Ысык-кульские кыргызы восстали против кокандского ханства. Воспользовавшись убийством Мадали хана, они выгнали кокандских колонизаторов из небольших укреплений, построенных на речках Каракол, Барскон, Конгур-Олен. В каждой из этих крепостей кокандцев было от 40 до 60 человек, которые охраняли торговые караваны и содействовали чиновникам в сборе зякета. После изгнания кокандских чиновников из вышеуказанных укреплений иссыккульские кыргызы считались независимыми и стали ориентироваться на покровительство России.
В 1845 г. вспыхнуло крупное восстание алайских кыргызов, распространившееся вскоре и в окрестностях Оша. Восстание вначале развивалось быстро, поскольку главные военные силы ханства во главе с Мусульманкулом - предводителем кыпчакской знати - находились в это время в Ташкенте, подавляя там очередное антиханское выступление. Ввиду этого обстоятельства борьбу против восставших кыргызов и узбеков начал хаким Шахрисанского вилайета кыпчак Мухаммед-Азар Кур-оглы, спешно собравший оставшиеся в Коканде войска. Кыргызы оказали упорное сопротивление отрядам шахрисанского хакима. Однако подход из Ташкента Мусулманкула с войсками решил исход дела. Повстанцы были разбиты. Кокандцы без труда захватили Ош, где устроили настоящую бойню среди населения, и восстание было подавлено ханскими войсками, во главе которых стоял Мусулманкул.