Отчет по практике: Отчет о работе биолога лаборатории особо опасных, вирусных и других природноочаговых инфекций

7.3 Исследования методом ПЦР на грипп и ОРВИ

Острые респираторные вирусные инфекции (ОРВИ), несомненно, — одна из самых актуальных проблем медицины, особенно в педиатрии. На фармацевтическом рынке представлено широкое разнообразие лекарственных средств, предназначенных для терапии этой патологии. Для грамотного эффективного и безопасного лечения ОРВИ врач должен знать алгоритмы диагностики и современные подходы к терапии, основанные на принципах доказательной медицины.

В настоящей работе показана высокая диагно стическая ценность метода мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени для выявления широкого спектра респираторных вирусов . Мультиплексный формат постановки ПЦР в режиме реального времени значительно сокращает время и стоимость анализа , что делает этот метод удобным и эффективным инструментом эпидемиологическо го надзора и научных исследований.

В лаборатории особо опасных, вирусных и других природно-очаговых инфекций ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Забайкальском крае» с 2010 года проводятся исследования в рамках обеспечения сигнального клинико-лабораторного эпидемиологического надзора за гриппом и ОРВИ (сигнального надзора - СН).

Материал исследуется на наличие РНК/ДНК вирусов ОРВИ и гриппа, респираторно-синцитиального вируса, метапневмовирус, вирусов парагриппа (1,2,3 и 4 типов), коронавирусов, риновирусов, ДНК аденовирусов групп В, С и Е и бокавируса, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием набора «АмплиСенс ОРВИ-скрин-FL», «АмплиСенс Influenza virus А/В-FL», «АмплиСенс Influenza virus А-тип-Н5, Н7, Н9-FL», «АмплиСенс Influenza virus АH5N1-FL», «АмплиСенс Influenza virus А/H1-swine-FL», «АмплиСенс Influenza virus А-тип-FL».

В 2018-2023 годах было проведено методом ПЦР 6424 исследований проб клинического материала на грипп, ОРВИ. Структура исследований, удельный вес положительных результатов представлен в таблице № 5.
Таблица № 5

Объём и структура исследований на грипп, ОРВИ методом ПЦР

Наименование инфекции	Год
	2018			2019			2020
	Всего иссл-но проб	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл-но проб	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл-но проб	С «+» рез.	Уд. вес
Грипп типа А, в т.ч.	1132	174	15,4	1358	269	19,8	1175	44	3,7
субтип H1swine		30	2,7		204	15, 0		0	0
субтип H1N1		0	0		0	0		0	0
субтип H3N2		144	12,7		65	4,8		44	3,7
субтип H5N1		0	0		0	0		0	0
Грипп типа В	1132	1	0,08	1358	15	1,1	1175	70	5,6
Грипп, всего	1132	175	15,5	1358	284	21	1175	114	9,7
Аденовирус	1325	47	3,5	1358	10	0,7	1175	36	3,1
Бокавирусы	1325	12	0,9	865	4	0,3	1175	4	0,3
РС-вирус	1325	102	7,7	1358	60	4,4	1175	71	6,0
Метапневмовирусы	1325	3	0,2	865	29	2,1	1175	9	0,8
Парагрипп	1325	39	2,9	1318	45	3,4	1175	26	2,2
Риновирусы	1325	90	6,8	865	77	8,9	1175	161	13,7
Коронавирусы	1325	0	0	865	14	1,6	1175	1	0,1
ОРВИ, всего	1325	293	22,1	1358	239	17,6	1175	308	26,2

Объём и структура исследований на грипп, ОРВИ методом ПЦР

Наименование инфекции	Год
	2021			2022			2023 (6 месяцев)
	Всего иссл-но проб	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл-но проб	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл-но проб	С «+» рез.	Уд. вес
Грипп типа А, в т.ч.	1021	121	11,8	1206	45	3,7	532	74	13,9
субтип H1swine		25	2,4		92	7,6		15	2,8
субтип H1N1		0	0		0	0		0	0
субтип H3N2		91	8,9		62	5,1		7	1,3
субтип H5N1		0	0		0	0		0	0
Грипп типа В	1021	2	0,1	1206	12	0,9	532	20	3,7
Грипп, всего	1021	102	9,9	1206	42	3,4	532	23	4,3
Аденовирус	1021	34	3,3	1206	12	0,9	532	20	3,7
Бокавирусы	1021	9	0,8	1206	3	0,2	532	9	1,6
РС-вирус	1021	98	9,5	1206	49	4,0	532	12	2,2
Метапневмовирусы	1021	5	0,4	1206	32	2,6	532	5	0,9
Парагрипп	1021	34	3,3	1206	48	3,9	532	16	3,0
Риновирусы	1021	95	9,3	1206	63	5,2	532	56	10,5
Коронавирусы	1021	17	1,6	1206	14	1,1	532	14	2,6
ОРВИ, всего	1021	292	28,5	1206	221	18,32	532	132	24,8

Из данных таблицы видно, что наблюдается разнообразие, смена одних преобладающих вирусов другими на протяжении 2018-2023 гг. как среди вирусов гриппа, так и среди прочих вирусов - возбудителей ОРВИ.
VIII. Проведение внутрилабораторного контроля.

Провожу контроль качества диагностических препаратов на стадии приёма в лабораторию (эритроцитарных диагностикумов, люминесцирующих сывороток, питательных сред, тест систем для ПЦР и ИФА.), с оформлением протокола («протокол входного контроля наборов реагентов»).

Провожу контроль условий и сроков хранения питательных сред и наборов реагентов а также провожу контроль показателей микроклимата в производственных помещениях лаборатории, контролирую показатели температурного режима фармацевтических холодильников с регистрацией в журнале («Журнал контроля условий и сроков хранения питательных сред, наборов реагентов»).

Осуществляю контроль бактерицидных ламп, установленных в боксах, слежу за отсутствием контаминации в помещениях лаборатории продуктами ПЦР путем исследования смывов с различных поверхностей оборудования.

Провожу контроль качества питательных сред для диагностики холеры, доставленных из бактериологических лабораторий филиалов Центра.
IX. Участие в аккредитации испытательного лабораторного центра.

Ежегодно принимаю участие в решении задач с шифрованными пробами на различные возбудители особо опасных инфекций, а так же серологических задач с шифрованными пробами на антитела (антигены) к этим инфекциям, пробы на наличие рекомбинантной ДНК в пищевых продуктах, поступивших из Федерального центра. Всего исследовано 6 проб. Все пробы определены .

При оформлении пакета документов для аккредитации ИЛЦ мною подготовлены документы по формам области аккредитации, перечень нормативной документации по методам лабораторных исследований на особо опасные и другие природно-очаговые инфекции, список и параметры измерительного и вспомогательного оборудования, список референтных штаммов культур.

X. Вопросы гигиенического обучения и воспитания

Провожу беседы с населением о клинике, путях заражения и профилактике вирусных гепатитов, клещевого энцефалита, боррелиоза, риккетсиозов, иерсиниозов, бруцеллеза и других особо опасных и природно-очаговых инфекций. Принимаю участие в семинарах на темы профилактики инфекционных заболеваний.

XI. Выводы

1. 
   Результаты исследования материала из объектов окружающей среды позволяют определять степень их контаминации возбудителями особо опасных, вирусных и других природно-очаговых инфекций, что обеспечивает эпидемиологическое благополучие населения Забайкальского края.
   
2. 
   Учитывая то, что на территории Забайкальского края в последние годы отмечаются заболевания людей клещевыми инфекциями, необходимо продолжить проводить мониторинг полевого материала и материала от людей на клещевые инфекции (клещевой энцефалит, клещевой боррелез, ГАЧ, МЭЧ).
   
3. 
   Наибольшее количество исследований клинического материала методом ПЦР приходится на исследования на грипп и другие ОРВИ. По результатам этих исследований видно, что этиологическая структура полученных положительных находок РНК/ДНК вирусов разнообразна в различные годы.
   
4. 
   За отчетный период в лаборатории внедрено 11 новых методов исследования
   
5. 
   С 2018 – 2023 годы внедрено в эксплуатацию 64 единицы измерительного оборудования (1-фотометр, 5 амплификаторов в режиме реального времени, 48 дозаторов пипеточных, 10 приборов комбинированных Testo 608-H1).
   

7 единиц испытательного оборудования (5 термостатов твердотельных, 1 амплификатор, 1 водяная баня – термостат с перемешиванием), 48 единиц вспомогательного оборудования (3 морозильных камеры, 5 фармацевтических холодильников, 8 боксов микробиологической безопасности, 2 бокса абактериальных для работы с ДНК пробами при проведении ПЦР-диагностики, 1 система дозирования жидкостей автоматическая прецизионная, 1 автоматическая станция пробоподготовки, 7 рециркуляторов бактерицидных, 8 цетрифуг-вортекс, 7 микроцентрифуг, 1 гомогенизатор, комплект оборудования для горизонтального электрофореза, 1 инвертированный микроскоп, 1 прибор вакуумного фильтрования ПВФ-142, 1 прибор напорного фильтрования ПНФ-142 Б, 1 центрифуга с охлаждением, 1 измельчитель пищевых продуктов для пробоподготовки проб для исследования на ГМО).

XII. Задачи

1. 
   Усовершенствовать дальнейшее методы бактериологической диагностики, молекулярно-биологической, методом иммуноферментного анализа инфекционных заболеваний, а также материала из объекта окружающей среды.
   

2. Продолжить внедрение и освоение новых методов исследования, нормативных документов, не обходимые для повышения своей профессиональной компетенции и удовлетворение потребностей заказчиков в предоставлении результатов анализа.

3. 
   Своевременное повышение профессиональных знаний и компетенций биолога, необходимых для профессиональной деятельности в рамках имеющейся квалификации.
   

Выполнил биолог лаборатории особо

опасных, вирусных и других

природно-очаговых инфекций А.Б. Лисичников