Когда Никон в 1658 г. удалился в Новый Иерусалим, Суханов перебрался в Москву, в давно любимый им Богоявленский монастырь, и возглавил государев Печатный двор (1661-1664). Должность требовала большой хозяйственной работы, но Суханов находил время для любимого занятия - чтения и редактирования книг. Помимо многочисленных помет на рукописях, мы имеем два списка отредактированного и дополненного им «Хронографа Русского». Арсений начал русскую историю недавно появившимся Сказанием о Слове - не и Русе, подчёркивая, что отечественная история не уступает древностью и славностью истории мировой. Для уточнений рассказа об истории Руси книжник использовал крупнейшую Никоновскую летопись Троицкой редакции. Но его и это не вполне удовлетворяло, заставляя привлекать массу других источников. Арсений сумел тихо оставить непростую, связанную с множеством споров и обвинений должность, чтобы дожить последние годы в Троице (скончался 14 августа 1668 г.). Судьба и заступничество Епифания хранили его, когда с середины 1660-х «Прения» распространялись староверами в Москве, а Соловецкое восстание, знаменем которого тоже стали «Прения», вспыхнуло лишь за полтора месяца до кончины учёного, дипломата и книгоиздателя.
После смерти Суханова официальная Церковь объявила «Прения» злостной подделкой «раскольников». Действительно, сочинение имело множество староверческих изводов и редакций. Их даже без учёта дополнений легко отличить от оригинала. Книжникам ясный деловой язык Арсения казался слишком лёгким для такой важной темы, его усложняли и утяжеляли. Только митрополит Макарий (Булгаков), обратившись к документам Посольского приказа, вернул авторство Суханову Макарий (Булгаков), митр. История Русской церкви. Т. IX. М., 1882. С. 148--158.. Н.Ф. Каптерев поставил идеи «Прений» в центр фундаментального исследования отношений России с православным Ростоком Каптерев Н.Ф. Характер отношений России к православному Ростоку в XVI и XVII столе-тиях. Сергиев Посад, 1914., но и он оказался неправ в заключении, что реформами Никона эти идеи были отвержены. Изменения, внесённые при Никоне в русский церковный обряд, сохранились до наших дней. Однако изучение доступных сегодня источников показало, что идеи, сформулированные Сухановым на основе глубокой русской традиции, развивались при жизни Арсения и после него так, будто Никона не было. Авторы крупных исторических произведений развивали и совершенствовали после Суханова идеи его «Прений» и Хронографа, а составители и переписчики кратких, доступных всему народу летописцев и хронографцев без сомнений выражали те же мысли, что и Арсений. Если Суханов полагал нужным подчеркнуть в «Прениях» святость царства, то просвещённый царь Фёдор Алексеевич, венчаясь на престол в 1676 г., сделал эту идею главной в изменениях своего чина венчания, и её только укрепили в 1682 г. цари Иван и Пётр Богданов А.П. Царь-реформатор... С. 294--352..
Р этом нет ничего удивительного. Суханов по долгу государственной службы сформулировал существенные черты державной идеологии. Не его вина, что царь и патриарх на какое-то время отклонились от идей, объединявших подданных в Российском самодержавном православном царстве. И служебный отчёт Арсения стал в публицистике знаменем протеста против этого частного случая, породившего Раскол.