Состоявшаяся на том же Соборе канонизация архиепископа Тверского Фаддея (Успенского) и собранные материалы, касающиеся его жизни и исповеднического подвига, явились своего рода эталоном для выработки требований к материалам для последующих канонизаций. Были собраны исчерпывающие сведения, касающиеся жизни, служения и мученической кончины архиепископа Фаддея, включая материалы, хранящиеся в архивах ФСБ. Были проанализированы и сопоставлены устные свидетельства, в которых описаны служение и смерть архиепископа, найдено место его погребения, обретены его останки и проведено их исследование, для чего был привлечен ведущий специалист в области судебно-медицинской экспертизы, заведующий отделом судебно-медицинской идентификации личности профессор В. Н. Звягин. «Сочетавший в своей подвижнической жизни отмеченное даром чудотворений молитвенно-аскетическое делание с ревностным архипастырским служением, священномученик Фаддей принял смерть за Христа с мужеством и вдохновением мучеников Церкви первых веков» - так вполне обоснованно характеризовался его подвиг в деянии Собора. Там же.
Третьим священномучеником, прославленным на Архиерейском Соборе в 1997 г., был митрополит Серафим (Чичагов). Впервые материалы о нём рассматривались в 1989 г. Их изучение оказалось непростым. Решающее значение для принятия решения о канонизации митрополита Серафима имело обнаружение всех судебно-следственных дел, в особенности последнего (за 1937 г.). Митрополит Серафим (Чичагов) был канонизован за мужество, проявленное во время тюремного заточения, и мученическую кончину за веру и Церковь. Там же.
В послесоборное время стала активно проводиться работа по изучению новых материалов и написанию на их основе житий для рассмотрения Священным Синодом с последующей передачей их на Архиерейский Собор. 26 февраля 1998 г. Священный Синод рассмотрел житие митрополита Ярославского Агафангела (Преображенского; 18541928), приняв решение о его канонизации в лике новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания. Материалы, связанные с вопросом о канонизации святителя и исповедника митрополита Ярославского Агафангела (Преображенского; 1854-1928) / Синодальная комиссия Русской Православной Церкви по канонизации святых. М., 1999. С. 3. 16 февраля 1999 г. Священный Синод принял решение «о канонизации в лике новомучеников и исповедников Российских епископа Кирилловского Варсонофия (Лебедева; 1871-1918) и иже с ним пострадавших для общецерковного почитания» Материалы, связанные с вопросом о канонизации священномученика епископа Кирилловского Варсонофия (Лебедева; 1871-1918) / Синодальная комиссия Русской Православной Церкви по канонизации святых. М., 1999. С. 3. и архиепископа Воронежского Петра (Зверева; 1878-1929). Материалы, связанные с вопросом о канонизации священномученика архиепископа Воронежского Петра (Зверева; 1878-1929)/ Синодальная комиссия Русской Православной Церкви по канонизации святых. М., 1999. С. 3.
31 марта 1999 г. Священный Синод одобрил передачу на предстоящий Архиерейский Собор проектов житий и соответствующих деяний канонизаций: митрополита Казанского и Свияжского Кирилла (Смирнова; 1863-1937), Журнал Московской Патриархии. 1999. № 5. С. 5-6. архиепископа Семипалатинского Александра (Щукина; 1891-1937), Там же. С. 6. епископа Тобольского и Сибирского Гермогена (Долганева; 1858-1918), Там же. С. 5. епископа Дмитровского Серафима (Звездинского; 1883-1937), Там же. С. 6. епископа Бежецкого Аркадия (Остальского; 1881-1937), Там же. иерея Григория (Аверина; 1889-1937), Там же. С. 4-5. мирянина Алексия (Ворошина; 1886-1937). Там же. С. 6-7.
19 июля 1999 г. Священный Синод принял решение об общецерковной канонизации епископа Ковровского, викария Владимирской епархии Афанасия (Сахарова; 1887-1962). Материалы, связанные с вопросом о канонизации святителя Афанасия, епископа Ковровского, исповедника и песнописца (1887-1962) / Синодальная комиссия Русской Православной Церкви по канонизации святых. М., 2000. С. 3.
В период с 1993 г. по 1999 г. совершались канонизации новомучеников как к общецерковному почитанию, так и к местному. До 1997 г. к общецерковному почитанию было прославлено двенадцать священнослужителей и мирян, пострадавших в советский период, а к местному почитанию - сто семнадцать пострадавших священнослужителей и мирян. Около половины из канонизованных для местного почитания пострадали в начальный период гонений, в 1918 г., что до некоторой степени гарантировало от «сюрпризов», которые, как правило, появляются при нарушениях методики изучения материалов, относящихся к более позднему периоду. Формат изучения материалов для местных канонизаций имел в то время поверхностный характер, а сами материалы зачастую представляли плохо связанные между собой фрагменты документов. Последними перед Архиерейским Собором 2000 г. были канонизованы для местного почитания новомученики Тверской епархии: архимандрит Сергий (Сребрянский; 1870-1948), протоиереи Владимир Мощанский (1866-1938), Алексий Бенеманский (1881-1937), Григорий Раевский (1888-1937), Николай Дмитров (18781938) и некоторые другие (1999 г.). Священный Синод принял решение прославить Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания; епархии должны были провести исследования в архивах и представить собранные ими материалы в Синодальную комиссию. Определения Священного Синода. Журнал Московской Патриархии. 1999. № 3. С. 4-5. В дальнейшем, в соответствии с постановлением Архиерейского Собора 2000 г., канонизация новомучеников для местного почитания была прекращена.
На Освященном Архиерейском Юбилейном Соборе, состоявшемся 13-16 августа 2000 г., был прославлен Собор новомучеников и исповедников. Подводя итоги проделанной работы 1992-1999 гг. по исследованию духовного подвига новомучеников и исповедников, председатель Синодальной комиссии митрополит Ювеналий в своём докладе подчеркнул исторически важное значение того, что к 2000-летнему юбилею Рождества Христова Русская Православная Церковь принесла обильный «плод спасительного сеяния» - сонм святых мучеников и исповедников Российских ХХ в. Ювеналий, митр. Крутицкий и Коломенский. Доклад на Архиерейском Юбилейном Соборе. 2000-летию Рождества Христова посвящается: Специальный выпуск «Вестника архивиста». М., 2001. С. 11. В их числе оказалось восемьсот шестьдесят новомучеников и исповедников, прославленных поименно, а также все пострадавшие за веру, чьи имена остаются неизвестными, а останки покоятся в безвестных могилах и в местах массовых захоронений.
После 2000 г. наступил новый период послесоборного прославления, который заключался во включении новых имен святых в состав уже прославленного Собора новомучеников и исповедников на основании решения Священного Синода, принимаемого по предоставлению итоговых материалов изучения вопроса о каждом лице. В 2013 г. постановлением Священного Синода «Собор новомучеников и исповедников Российских» был переименован в «Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской». Об именовании Собора новомучеников и исповедников Российских и Недели всех святых, в земле Российстей просиявших. В кн. Собрание документов Русской Православной Церкви. Т. II. Ч. 1. Деятельность Русской Православной Церкви. М., 2014. С. 58.
Однако канонизация на Соборах в 1997 и 2000 гг. не исчерпала всех проблем, связанных с причислением к лику святых новомучеников. Для их решения необходимо было изучить не только вопросы репрессивной политики советской власти в общих чертах, но и всё многообразие её исполнения, с которым сталкивался в эпоху репрессий конкретный христианин. Для решения этой задачи при Комиссии по канонизации святых Московской епархии, занимавшейся изучением судебно-следственных дел на духовенство г. Москвы и Московской области, была создана исследовательская группа, к работе в которой были привлечены ученые, историки и архивисты, сотрудники Фонда «Память мучеников и исповедников Русской Православной Церкви». Её задачей стало выявление и анализ материалов судебно-следственных дел с целью определения всех ситуаций, в которые мог попадать арестованный христианин, сталкиваясь с советскими властями, а также определение степени достоверности этих материалов. Комиссия по канонизации святых Московской епархии стала «научной лабораторией» по выработке теоретических подходов и практических требований при рассмотрении материалов о репрессированном духовенстве и мирянах для их канонизации.
Изменившиеся отношения между государством и Церковью, издание указов президента, позволивших открыть доступ историкам к изучению архивных фондов и документов режимных органов, создали исключительно благоприятные обстоятельства для работы в архивах. «По инициативе Росархива Федеральной службой безопасности Российской Федерации был согласован порядок рассекречивания фильтрационно-проверочных дел, принятых государственными архивами субъектов Российской Федерации из территориальных органов ФСБ России» (Козлов 2009, с. 95). Руководство Федерального архивного агентства, а также руководство крупнейших государственных архивов поддержали инициативу исследований, проводимых Русской Православной Церковью, что позволило широко развернуть исследовательскую работу по изучению и анализу десятков тысяч судебно-следственных дел, касающихся репрессий в советский период, хранящихся в федеральных и региональных государственных архивах.
Исследовательская деятельность рабочей группы при Московской епархиальной комиссии была начата с изучения крупнейшего фонда 10035 Государственного архива Российской Федерации, состоящего из документов судебно-следственных дел политического характера, переданных в ГАРФ из архива УФСБ РФ по г. Москве и Московской области. Изучение данного комплекса документов проводилось с целью выяснения судеб пострадавших от репрессий в XX в. священно- церковнослужителей и мирян, а также выработки научных методов изучения судебно-следственных дел.
Целенаправленное выявление дел и документов на обвиняемых священно- церковнослужителей и мирян проводилось посредством сплошного просмотра дел фонда 10035. В результате было установлено, что судебно-следственные дела фонда, объем которого составляет 98 064 единицы хранения и охватывает период с 1918 по 1986 гг., включает дела на 133 000 лиц, принадлежавших к разным социальным группам и категориям, в том числе к православному духовенству и мирянам. Прежде чем приступить к изучению и анализу материалов судебно-следственных дел на священнослужителей и мирян и рассматривая эту категорию репрессированных на предмет их возможной канонизации, необходимо было просмотреть весь объем судебно-следственных дел, хранящихся в данном фонде, чтобы определить, какое отношение тот или иной подследственный имел к Православной Церкви. Изучение фонда было ценно тем, что оно давало широкое и наиболее точное понимание действительности, в которой проходила жизнь нов омучеников.
Просматривая и анализируя судебно-следственные дела, рабочая группа выявила 2 261 дело, в которых обвиняемыми и свидетелями проходило 4 689 священнослужителей, монашествующих и мирян, из них 4 368 обвиняемыми.
Исследуя каждое выявленное дело по обвинению священнослужителя или мирянина, рабочая группа, располагая данными, полученными в ходе изучения фондов Президентского архива, Центрального архива ФСБ РФ и ряда региональных архивов, определяла рациональные пути и методику поиска недостающих сведений о каждом лице в фондах других государственных архивов. Такой подход, как показало будущее, оказался оправданным. Изучение судебно-следственных дел репрессированных с целью их канонизации, а также вновь обнаруженных материалов на уже канонизованных, показало, что в их число попадали лица, имевшие препятствия для канонизации. Среди них были обновленцы, григорьевцы, секретные сотрудники НКВД и лжесвидетели, проявившие явное малодушие перед лицом испытаний, были порабощенные страстями лицемеры, игравшие роль исповедников, и мошенники, эксплуатировавшие религиозную идею для извлечения материальных выгод, выдававшие себя, например, за архиереев, старцев и лиц царского рода. Были обнаружены случаи снятия сана, иногда производимые публично. Многие из таковых лиц в период «большого террора» были расстреляны. Как были расстреляны и многие из аппарата НКВД. Впоследствии почитание канонизованных, в чьих материалах были обнаружены факты, противоречащие критериям канонизации, было приостановлено, о чем на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 2-3 февраля 2016 г. было принято соответствующее решение. Определение Освященного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви об общецерковном прославлении ряда местночтимых святых. Журнал Московской Патриархии. 2016. Март. С. 41.
Исходя из опыта изучения судебно-следственных дел, Синодальная комиссия по канонизации святых пришла к выводу, что необходимо при представлении материалов к канонизации ответить на следующие вопросы:
1. Не являлся ли священнослужитель или мирянин лжесвидетелем?
2. Не являлся ли он обновленцем или григорьевцем?
3. Не имел ли он препятствий к канонизации канонического характера?
4. Не имел ли он препятствий нравственного характера? 5. Не привлекался ли он свидетелем, давая показания против других? 6. Не являлся ли он секретным сотрудником режимных ведомств?
Были случаи, когда человек до конца не признавал себя виновным и был расстрелян, однако этого оказывалось при более тщательном исследовании недостаточно, чтобы говорить о его исповедничестве. Так, один из священников Московской епархии, служивший в г. Можайске, был арестован в 1937 г. На допросах он не оговорил ни себя, ни других, был приговорен к расстрелу и расстрелян на Бутовском полигоне. Однако при более детальном изучении его биографии оказалось, что он принадлежал к Лубенскому расколу, затем перешел служить в Московскую епархию, объяснив как свое рукоположение, так и свое служение в расколе не зависящими от него обстоятельствами, которые в тот исторический период могли означать только командировки НКВД в качестве секретного сотрудника.